企业性质不同：
农村商业银行：由农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。
农村信用社：经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。
服务对象不同：
农村商业银行：主要服务对象为辖区内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织。
农村信用社：主要服务对象为辖内社员和农村经济组织。农村信用社的宗旨是“农民在资金上互帮互助”，即农民组成信用合作社，社员出钱组成资本金，社员用钱可以贷款。
3.存贷款范围不同：
农村商业银行：可以吸收社会上合法经济主体的个人的存款资金，并为社会经济组织发放贷款、理财产品和其他银行业务。
农村信用社：存款主要资金来源是合作社成员缴纳的股金、留存的公积金和吸收的存款；贷款主要用于解决社成员的资金需求。